中华人民共和国建立后，继续担任华东军区司令员等职，指挥部队剿灭东南地区国民党残余武装和土匪、解放东南沿海岛屿。1954年参与主持修改《中国人民解放军政治工作条例》（草案），强调全军在现代化、正规化建设过程中，仍必须重视和加强革命化建设，坚持以政治工作为生命线。1966年1月任中共中央军委副主席。1955年被授予中华人民共和国元帅军衔。
陈毅一生著述颇丰，重要著作已收入《陈毅军事文选》。陈毅的军事思想主要内容有：
保持和发扬人民军队特质，建设正规化的模范党军 ①中国革命战争，必须建设一支正规化的模范军队，即共产党绝对领导下的新式革命军队。它与一切旧式军队有着本质的区别：具有高度的革命自觉性，排斥雇佣性；具有工农革命的优良传统，扫除脱离劳动群众的游杂武装习性；具有政治上铁的团结，没有官兵阶段隔阂、军民对立冲突和部队之间的猜忌矛盾，并善于团结友军共同对敌；能够做到政策统一、行动统一和指挥统一、没有地方界限和涣散习气。建军要求是：加强中国共产党对军队的绝对领导；建设优越的军事组织、提高军事技术；军纪达到模范的地步；各种工作都有严密的制度，科学的分工、合乎规律并且极负责地进行；作风上充满革命气派和创造精神。②人民军队建设不是单纯的技术建军，必须包括强大的政治建设工作。中国共产党的领导是人民军队特质的体现，政治建设的根本任务在于确保和不断强固党的领导，使部队成为党的政策的宣传者、执行者和贯彻实行的组织者。决不容许把人民军队降低为统一战线的军队。 ③加强政治建设决不是轻视其他方面的建设，而是要保证一切部门一切工作的健全和发展。因此，必须全面地加强人民军队的建设。首先要建设健全的司令机关。④要重视及时总结部队作战经验，求得以战教战，打一仗进一步。每打一仗后，只要条件许可，就要组织部队总结经验教训，使第一仗的优点在第二仗中得到发扬，缺点能够避免。
中国革命战争要依靠农村根据地，实行人民战争及其战略战术 ①先有农村根据地，并“波浪式”地发展到全国。应先建立各个小块根据地，逐步连成大片。②研究中国革命战争的军事战略，目的在于能以少胜多，以小敌大，以弱胜强。③群众武装、地方部队和主力兵团，是革命武装力量的三个阶梯，相互依存配合，共同打击敌人。④中国革命武装斗争实际上是一种“城乡”斗争，敌人优势集中在城市，我则必须发展农村游击战争。⑤当革命战争由以游击战为主发展到以大规模正规战为主之后，总的作战方针就是集中优势兵力打歼灭战。⑥在敌人竭力把战争引到革命根据地，妄图从经济上破坏革命战争的形势下，应大力实行 “以战养战”的方针，为规模日益扩大的革命战争提供有力的后勤保障。
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