根据上海市机构编制委员会《关于同意崇明县政府机构改革方案予以备案的函》（沪编〔2009〕34号）和《崇明县人民政府机构改革方案》的规定，设立崇明县水务局，为县政府工作部门。崇明县水务局挂崇明县海洋局牌子。

　　一、职责调整
　　（一）增加海洋管理职能。
　　（二）取消已由市政府公布取消的行政审批事项。
　　（三）取消或停止已由市政府公布取消或停止的行政事业性收费项目。

　　二、主要职责
　　（一）贯彻执行国家和本市关于水务和海洋管理的法律、法规、规章和方针、政策；结合本县实际研究制定有关水务和海洋行政管理工作的意见和措施，并组织实施。
　　（二）根据本县国民经济和社会发展总体规划，研究制定并组织实施本县水务和海洋工作中长期发展规划和年度计划；参与本县国民经济和社会发展总体规划、城镇规划及重大建设项目中有关水务和海洋业务的论证工作。
　　（三）负责本县水资源（地表水、地下水）的统一管理和保护；制定水资源中长期供求计划、水量分配和调度计划，并监督实施；组织实施取水和排水许可制度及水资源费征收工作；负责计划用水和节约用水工作。
　　（四）负责本县水利、供水、排水的行业管理和监督；研究提出有关水务价格等经济调节意见。
　　（五）负责本县水文水资源监测和水文监测点的建设和管理；发布水文水资源信息。
　　（六）负责辖区内滩涂资源的使用、管理和监督。
　　（七）负责本县防汛防台抗旱工作的协调指导和督查。
　　（八）负责本县河道、湖泊、海塘、水闸、供水、排水的建设、整治和管理。
　　（九）负责全县农村水利工作，组织、协调本县农田水利基本建设；会同县有关部门组织实施水土保护工作。
　　（十）负责本县水务工程质量和安全的监督管理工作。
　　（十一）负责辖区内海域使用的管理和监督，对辖区内海域使用申请进行审核和监督管理，按规定实施海域有偿使用制度；协同上级部门做好辖区内海域勘界、海洋基础数据管理。
　　（十二）负责综合协调海洋事务。
　　（十三）会同有关部门依法开展海洋环境的监督管理；按规定实施防治海洋工程项目和海洋倾废对海洋污染损害的环境保护工作；按规定实施海洋生态环境保护；负责海洋环境观测预报和海洋灾害预报警报。
　　（十四）依法实施水行政执法；负责协调本县各类水事纠纷和水务、海洋突发事件。
　　（十五）负责办理有关行政诉讼应诉工作。
　　（十六）承办县政府交办的其他工作。